你好，怀孕三个月的时候有少量的出血，有可能是体内孕酮水平比较低，先兆性流产等原因所引起的，也不排除有宫外孕的可能，建议及时去医院检查一下，可以通过B超检查一下是否是宫外孕，另外需要抽血检查一下体内的孕酮和hcg。

怀孕三个多月流血的原因有多种：异位妊娠，胚胎停育，先兆流产，宫颈息肉，宫颈炎以及合并内科疾病甲减等都可引起。
一、应该进行超声检查，确认宫内妊娠，并且胎心搏动正常，胎儿生长发育正常，检查是否存在宫腔积液等先兆流产的情况。
二、要进行阴道检查，检查是否存在宫颈病变以及是否肉眼可见来自宫腔内的流血。
三、进行必要的血液检查，比如孕酮HCG以及甲状腺激素等。
孕早期流血应该适当休息，注意饮食结构，避免便秘等增加腹压的活动，必要时住院治疗。